우주력 0079년, MS부대의 소위 시로 아마다는 쟈쿠와의 싸움 중에 MS가 파괴되어 폐우주선에 숨는다. 아마다는 그곳에서 지온의 파일럿 아이나를 만나게 된다. 부상을 입은 아이나를 치료하면서 시로와 아이나는 서로 호감을 갖게 된다. 적으로 만난 그들은 서로 헤어지게 되고 이후 아마다는 MS부대의 08소대를 맡게 된다. 아이나는 오빠 기니어스가 개발한 신병기를 테스트하던 중, 연방의 건담 부대와 마주하게 된다. 그 부대는 아