인간의 적은 결국 인간이었나. 에반게리온을 차지하려는 제레가 네르프 본부에 대한 총공격을 명령한다. 인류 보완 계획의 정체가 베일을 벗는 가운데 서드 임팩트에 대한 위기 또한 고조되고. 세상의 시작과 종말의 문은 열릴 것인가.