2002년, 세월이 흐르며 특차 2과의 말썽꾼들도 이리저리 흩어져 나가고,[6] 고토와 시노부 등만 남아서 신입들과 함께 2과를 지키고 있었다. 바빌론 프로젝트도 거의 마무리를 향해 달려가는 시점에서 레이버 범죄도 많이 감소해 그럭저럭 평온하고 무난한 일상이 이어지던 중, 정체불명의 전투기가 미사일로 요코하마 베이 브릿지를 파괴하는 사건이 터진다. 사건 당시 촬영되었다는 영상에서 문제의 전투기가 자위대가 운용하는 F-16J임