바빌론 프로젝트가 한창 진행 중이던 1999년, 작업 중이던 레이버가 연달아 폭주하는 사건이 발생한다. 폭주를 일으킨 레이버는 모두 신형 OS인 HOS를 탑재하고 있었지만 HOS를 보급한 시노하라 중공은 어딘지 석연치 않은 태도를 보인다. 사건을 수사하던 특차2과는 시노하라 중공 소속의 프로그래머 호바 에이이치가 자신이 개발한 HOS로 도쿄 전체를 혼란으로 몰아 넣을 계획을 짜고 자살한 사실을 알아내는데…….