미지의 생명체인 가우나가 지구를 파괴해 간신히 살아남은 인류는
 거대한 우주선 ’시도니아’에서 여행을 계속했지만, 백년 만에 가우나가 나타난다.
 또다시 멸망의 위치에 처한 인류는 인간과 가우나의 융합 개체인 츠무기와
 인간형 전투 병기 모리토의 조종사인 타니카제 나가테의 활약으로 가우나를 격퇴하고 승리를