인디아나 존스 박사(Dr. Henry ’Indiana’ Jones, Jr.: 해리스 포드 분)는 만주족 시조인 누루하치의 유골이 남겨있는 보물을 둘러싼 상해에서 라오 일당과 협상 중 죽음의 위기에 몰리게 되나, 쇼걸인 윌리(Wilhelmina ’Willie’ Scott: 케이트 캡쇼 분)와 꼬마 택시운전수 소년 쇼트(Short Round: 케 슈이 쿠안 분)의 도움으로 탈출하다가 비행기 추락으로 티베트의 샤만 마을에 당도하는데 여기서 예기치 못한 모험 속에 뛰어들게 된다. 하늘에서 떨어지는 이들 일행을 본 마을 사람들은 이들을 구세주로 여기고 판코드 궁에 있는 신비의 돌을 찾아 달라고 한다. 존스는 신비의 돌과 밀교에 있는 어린이들을 구하고자 전설의 마궁을 찾아간다. 일행은 산 사람을 제물로 바치는 비밀종교 집단과 처절한 사투를 벌인 끝에 쇼트의 뛰어난 기지로 탈출하여 아이들은 부모 곁으로 돌아간다.