400년간 앙숙으로 지내온 이가 츠바가쿠레 부족과 코우가 부족. 두 일족은 특별한 능력을 지닌 닌자를 배출해온 시노비 일족들이다. 핫토리 한조의 부전(不戰)의 약정으로 인해 전쟁 없이 명맥을 이어오던 두 부족은 도쿠가와 이에야스의 후계자 결정에 휘말리면서 부전의 약정을 깨고 닌자의 인법을 사용하여 서로 전쟁을 시작한다.
한편 코우가의 차기 수장 겐노스케와 이가 츠바가쿠레의 차기 수장 오보로는 결혼을 약속한 사이이지만 두 부족 간의 전쟁이 시작되면서 두 사람의 관계는 한 치 앞을 내다볼 수 없는 운명의 소용돌이에 휘말리게 되는데…