거대 몬스터들의 습격을 받은 지 3년 후, 콩은 스컬 아일랜드를 떠나 인간들의 보호관찰을 받고 있다. 한편, 인간들에게 등을 돌린 고질라는 비밀연구회사인 에이펙스에 존재하는 알 수 없는 힘에 이끌려 그곳을 쑥대밭으로 만든다. 위기 상황 속, 지구 안의 또 다른 지구인 할로우 어스의 에