일본의 운명을 건 결전이 시작된다!
일본의 경제가 붕괴되면서 대다수의 국민들은 일자리를 잃고 빈곤층으로 전락하고 만다.
이러한 국가 위기를 이용해 막강한 자본을 바탕으로
일본 경제를 손에 쥐고 국가 전복의 음모를 꾀하는 거대 기업 쿠로다 그룹. 쿠로다 회장은
자신의 음모를 구체화하기 위해 용병을 조직해 무력으로 일본의 전권을 장악하려는 계획을 세운다.
이에 정부의 비밀조직 고쿠라쿠는 레이디 닌자라는 이름의 요원들을 양성해 음모에 맞선다.
그러던 중, 유전자 변형에 의해 탄생한 강력한 용병 야차의 등장으로 레이디 닌자는 커다란 위기에 직면하는데...

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